"Stock" generalmente significa "tal y como lo proporciona el proveedor". En este sentido, la versión modificada de Android que viene preinstalada en estos dispositivos es "stock"."
Una mejor manera de pensar en las ediciones de Play Store de estos teléfonos es "neat" o Android sin modificar. Sólo cuando Google vende el dispositivo esta versión no modificada es "stock"
Tanto las versiones modificadas como las no modificadas de estos dispositivos incluyen controladores para el hardware específico que contiene el dispositivo, que le permiten funcionar.
La mayoría de los controladores son propietarios/código cerrado, por lo que cuando Google fabrica un dispositivo Play Edition, normalmente tiene que obtener estos controladores del proveedor de hardware.
Si quieres instalar la versión "limpia" de Android en un dispositivo, tendrás que conseguir el código del Proyecto de Código Abierto de Android (AOSP), compilarlo y subirlo a tu dispositivo y esperar que arranque. Yo no recomendaría esto para empezar.
Para el principiante, la mejor apuesta es probablemente encontrar una ROM personalizada basada en AOSP. Hay un montón de ellas en los foros de xda-developers.com.
Personalmente, uso CyanogenMod (cyanogenmod.org), ya que intenta mantenerse fiel a AOSP, mientras que lo mejora con una personalización loca. Tuve pocos problemas para instalarlo en mi Samsung Galaxy S3, siguiendo las instrucciones de esta página (pero utilizando el método de Odin documentado en la sección de "Consejos útiles" en la parte superior):
http://wiki.cyanogenmod.org/w/In...
Incluso tienen un instalador ahora, lo que hace que el proceso sea bastante indoloro.
Entonces, después de obtener una mejor sensación para la instalación de ROMs precompiladas, puede tirar de la fuente y compilarla usted mismo y subirla a su teléfono. CyanogenMod también tiene instrucciones sobre cómo hacer esto:
http://wiki.cyanogenmod.org/w/De...
Una vez que usted tiene una manija en la construcción de la fuente estable para un teléfono, entonces usted está probablemente listo para cavar en y construir su propia ROM desde cero.
Concedido, usted puede tratar de ir directamente a la construcción de su propia ROM desde cero al principio; Sólo recomiendo esta ruta, ya que le facilitará el desarrollo de Android y (con suerte) le ahorrará un teléfono bricked.
En una nota al margen, al principio era un poco reacio a cambiar a Android, ya que estaba familiarizado con el iPhone y tenía un montón de aplicaciones y música, pero ahora que he cambiado, me alegro de haberlo hecho y no espero volver pronto en absoluto.
¡Feliz caza!