Tengo el mismo problema y me encontré con él justo ahora cuando actualicé a Sierra. Durante la instalación me preguntó si quería sincronizar con icloud. Estúpidamente dije que sí. Empezó a subir todos mis 100+GB de datos de mi ordenador a icloud. Esto incluía TODOS los documentos, el Escritorio. Y normalmente guardo todo en Documentos así que esto significaba casi todos los datos utilizables en mi comp. No quería que estos archivos usaran el espacio de iCloud así que hice lo que cualquier usuario normal haría y fui a Ajustes->iCloud-> desactivar iCloud para documentos y escritorio. Supuse que esto significaría que la sincronización se detendría y mis archivos locales se conservarían. De hecho, me mostró un cuadro de diálogo para eliminar los archivos de iCloud que dije que estaba bien porque 1. La única otra opción era cancelar iCloud. La única otra opción era cancelar y 2. No había "descargado" ningún archivo de icloud así que pensé que no era una opción. Me entró el pánico. Comprobé iCloud y me di cuenta de que los archivos seguían ahí así que supuse que si volvía a activar iCloud volverían a aparecer.
Pero creo que lo que ocurre es lo siguiente (mi suposición). Cuando activas iCloud, los archivos se suben primero a icloud pero también se descargan posteriormente desde allí (o su equivalente. Probablemente sea inteligente en cuanto a bytes). Como resultado todos tus archivos que antes eran "locales" ahora son "icloud". Si ahora desactivas icloud, elimina los archivos de icloud que a su vez también incluye los archivos que antes eran locales en tu máquina. Menudo coñazo. Lo ideal es NO aceptar iCloud durante la instalación. Pero si la hazaña está hecha:
- simplemente mueve los archivos de su ubicación actual a otro lugar de tu ordenador
- desactiva iCloud
- Vuelve a moverlos.
Espero que esto ayude a otros que se enfrenten al mismo problema.