Tienen diferentes usos. La tabla de particiones GUID (GOT) es el esquema utilizado por los servidores, los Macs y muchos PCs Windows contemporáneos. MacOS en Intel sólo arrancará desde una unidad con una tabla de partición GUID, y los sistemas Windows a partir de 2005 pueden leer/escribir estos discos pero sólo pueden arrancar desde ellos en sistemas con UEFI (en lugar de una BIOS).
El mapa de particiones de Apple era un esquema utilizado por los Macs Motorola 680x0 y PowerPC antes de 2006. Esos sistemas antiguos sólo pueden arrancar desde discos con particiones APM, y no podían leer discos con particiones GPT.
MBR Es el más antiguo de los 3, introducido como parte de PC-DOS en 1983. Ha sido el estándar para los ordenadores de la plataforma "Wintel" desde entonces. Los PCs modernos con Windows todavía utilizan normalmente un esquema de particionamiento MBR porque Windows sólo soporta el arranque desde GPT en sistemas con UEFI. Cada vez aparecen más sistemas Windows con UEFI, y las versiones modernas de Windows pueden leer discos con particiones GPT, por lo que GPT se está convirtiendo en la corriente principal para los sistemas Windows también.
Deberías formatear tus discos con tablas de partición GUID. Para los discos de arranque de macOS es obligatorio. Para otros discos se prefiere GPT, a menos que el disco se vaya a utilizar como disco de arranque para Macs anteriores a 2006, en cuyo caso APM es obligatorio. Si el disco se va a utilizar como disco de arranque de Windows para sistemas que no sean UEFI, se utiliza con ordenadores o sistemas operativos anteriores a GPT (2005), o se utiliza para el almacenamiento en un dispositivo (como una cámara, un decodificador de satélite, etc.) que requiere el esquema de partición MBR, entonces utilice el esquema MBR.