No creo que las preguntas "¿cuál es el mejor XYZ?" tengan sentido a menos que especifique sus requisitos actuales y futuros con suficiente detalle. Sólo en base a eso puede esperar recibir algún consejo sensato, adaptado a su situación específica.
No estoy seguro de por qué limita su elección a esas tres opciones - hay algunos otros paquetes de software SEM que podrían tener más sentido para usted funcionalmente, económicamente o de otra manera (por ejemplo, Stata o SmartPLS).
Sin embargo, teniendo en cuenta las tres opciones que ha mencionado, yo diría que la elección se reduce a la siguiente lógica de toma de decisiones.
1) ¿Puede o quiere pagar por el software? Si es No, la única opción es R, de lo contrario todas las opciones son válidas para el siguiente paso.
2) ¿Está buscando un software SEM de apuntar y hacer clic (GUI) sin mucha programación o usted'está bien con la interfaz de línea de comandos y una necesidad de aprender la programación de R? Si es lo primero, la elección incluye AMOS (ahora parte de IBM SPSS; la parte que no es estándar y, por lo tanto, tiene un costo separado, además de la base de SPSS) de su lista (Mplus tiene algún apoyo muy básico de terceros GUI, pero yo wouldn't contar con él), así como Stata, STATISTICA, SmartPLS, WarpPLS y algunos otros. Si es esto último, entonces Mplus y R son prácticamente las únicas opciones decentes de SEM en general.
3) ¿Necesita soporte en el software para algunos métodos avanzados de SEM o sus necesidades son más bien básicas? Si es lo primero (Y quiere / puede pagar Y no le importa la línea de comandos y la programación), elija Mplus, de lo contrario elija R (cubre las necesidades básicas de SEM con gran éxito; también tiene soporte para varios métodos avanzados de SEM, sin embargo, requiere mucho más trabajo manual para la configuración del software, la integración de módulos y otras tareas).