Todo se reduce a la preferencia. Para la electrónica digital, ¿te interesa sólo el hardware, o el hardware y el software? Si es lo segundo, es mejor que te decantes por la CompE, pero si es lo primero, cualquiera de las dos servirá.
Nota que la CompE te dota de un conjunto de habilidades superior porque el software se utiliza para lograr maravillas en muchas aplicaciones. Hoy en día los automóviles necesitan software para la navegación. La radio solía ser totalmente eléctrica, pero ahora tenemos una radio definida por software. Cosas que originalmente nunca utilizaron software están adoptando rápidamente el software. La radio definida por software utiliza una serie de algoritmos para eliminar el ruido una vez que la señal analógica se convierte en digital.
Dicho esto, CompE trata estrictamente, como su nombre indica, de software y hardware relacionados con la informática. En el caso del hardware, hablamos de FPGA's, CPU's, PLD's, ASICS, etc. En el caso del software, hablamos de aplicaciones que pueden estar escritas en C, C++, Java, etc. Todo esto es estrictamente informático. En ingeniería eléctrica, no se trata necesariamente de cosas relacionadas con la informática. Puedes dedicarte al diseño de antenas, a la ingeniería de radiofrecuencia, a los sistemas de energía, a los sistemas electromecánicos, etc. Todos ellos pueden utilizarse en sistemas informáticos, pero no se limitan exactamente a los ordenadores. Las FPGA, los ASICS, etc., son estrictamente hardware informático; su sistema no puede llamarse "informático" si uno o varios de estos componentes no intervienen en su funcionamiento. No es que vayas a necesitar una FPGA en una línea de transmisión de antena.
Lo diré de esta manera. Imagina que estás trabajando con un sistema de antena receptora y quieres asegurarte de que se emite una señal bonita y fuerte. Es más probable que el ingeniero eléctrico se ocupe de qué tipo de antena se utiliza, de cómo se diseñan los filtros para garantizar que sólo se permite el paso de una determinada gama de frecuencias, de qué elementos de seguridad se utilizarán en caso de que haya una subida de tensión, de cómo se cuantifica el sistema analógico en una señal digital, etc. El ingeniero informático es más probable que se ocupe de los algoritmos que se van a utilizar para filtrar todo el ruido una vez que sea una señal digital, cómo se va a mostrar la intensidad de la señal, qué microcontrolador y componentes periféricos se van a utilizar para decodificar la señal si la señal es un mensaje de texto, etc.