Así que, antes de llegar a responder a tu pregunta propiamente dicha, algo de terminología rápida:
Cyborg: un "organismo cibernético"; o un ser que está formado por componentes tanto orgánicos como cibernéticos.
Androide: un robot diseñado para parecer humano.
Como puedes ver, hay cierta ambigüedad con ambos términos, lo que naturalmente causa confusión y debate sobre lo que constituye un cyborg o un androide. Un androide es un robot hecho para parecerse a un humano, pero los componentes de ese androide -dependiendo de lo avanzada que sea la tecnología- pueden argumentarse parcialmente con elementos orgánicos, creados sintéticamente o de otro modo, para recrear la estética y las funciones motoras de los humanos de carne y hueso. El T-800 de la serie Terminator se considera a menudo un organismo cibernético, y se libra (en cierto modo) de esa etiqueta porque su esqueleto robótico está encerrado en piel y sangre orgánicas (el creador de Terminator, James Cameron, llegó a jugar con la idea de que el Terminator necesitara comer para mantener sus componentes orgánicos antes de desechar la idea, pero ésta volvió a aparecer en T3: Rise of the Machines).
Pero, en aras de la simplicidad, se acepta en gran medida que los ciborgs son organismos que se originaron por medios biogénicos, y luego recibieron actualizaciones o reemplazos cibernéticos más tarde; y que los androides son de origen mecánico.
En base a la poca información que se ha revelado sobre el origen de Motoko Kusanagi (un tema que sigue siendo objeto de acalorado debate, incluso hoy en día), se acepta en gran medida que Kusanagi es, efectivamente, un cyborg; la mayor parte de su cuerpo es sintético, pero su "fantasma" o cerebro/espina dorsal es humano.