En general, depende de la página web de la que te descargues las ROMs y si la ROM descargada es un archivo ejecutable (.exe) y no en los archivos .bin, .smd, o el .md para la Sega Genesis o para otros sistemas, NO ejecutes el juego y haz un escaneo de virus con Malwarebytes para estar seguro.
Por ejemplo, yo descargo juegos de Sega Genesis ya que no tengo la Sega Genesis en casa para nada por aquí, además el emulador sólo permite que tu máquina "imite" la máquina para la que está creado el juego que quieres jugar.
Por ejemplo, si te gusta jugar a Nintendo en tu PC, descarga Snes9x o si te gusta jugar a juegos de Sega Genesis, descarga Kega Fusion. Los emuladores vienen en muchas formas y formatos para jugar a casi cualquier juego de consola en tu ordenador para permitirte retroceder en el tiempo y jugar a los juegos con los que has crecido.
Ahora, algunos sitios web de donde estás descargando ROMs son generalmente seguros, pero depende de dónde los consigas ya que para mí, obtuve todos mis juegos clásicos de Sonic de Sonic Retro, MediaFire, y YouTube también.
Pero de todos modos, generalmente depende de qué sitios web descargues tus ROMs y si es un virus, NO lo ejecutes.
De todos modos, entré en el sitio web y mi extensión de navegador Malwarebytes no lo bloqueó por ningún troyano, PUP, mala reputación, etc., así que el sitio es seguro!