No estoy usando Mint sino Ubuntu (así que, como Mint es fork de Ubuntu, y Ubuntu está bastante hinchado estos días que es comparable). Además, estoy usando Win10 a diario (digamos que el 85% del tiempo lo paso en Ubuntu y el 15% en Windows, usando las mismas apps en ambos SO, excepto MS Office) y mis experiencias son todo lo contrario. Tenga en cuenta que estoy hablando de usar estos sistemas operativos en la misma máquina (arranque dual) y la CPU es Celeron G2030.
Como regla general, durante los últimos 10 años - en el mismo hardware, las mismas aplicaciones (compilado para ejecutar de forma nativa) siempre se ejecutan más rápido en Linux que bajo Windows.
P.S. ¿Tal vez usted trata de usar aplicaciones de Windows bajo Wine en Mint? Si es así, es dolorosamente natural y lógico que la emulación dé sobrecarga (añadiendo capas entre el SO y las apps) y que las apps nativas de Windows funcionen más lentamente bajo Mint.
P.P.S. Espero que no compares la velocidad del SO nativo y del SO bajo alguna solución de virtualización. Además, estaría bien aportar ejemplos de apps usadas que funcionen más lentas.