Desde el punto de vista de Estados Unidos, para los vuelos nacionales, no veo por qué un ordenador de sobremesa estaría prohibido en el equipaje de mano, siempre que sea más pequeño que los límites de tamaño y peso de la aerolínea. Sin embargo, muy poca gente viaja con ordenadores de sobremesa, por lo que podría despertar sospechas y ser objeto de un escrutinio adicional. Si lo llevas, te recomiendo que llegues al aeropuerto con mucha antelación, unas 3 horas, y que tengas un plan de reserva en caso de que no te dejen pasar el control. (Tal vez podrías pedirle a un amigo que te deje en el aeropuerto, para que pueda llevarse el ordenador de vuelta si no se lo permiten, o si planeas aparcar en el aeropuerto, podrías ir a ponerlo en tu coche.)
Considerando lo brusco que puede ser el equipaje facturado, no recomiendo llevar el ordenador en el equipaje facturado, a menos que, tal vez, si está muy bien embalado, idealmente en su embalaje original.
En el caso de los vuelos internacionales, recientemente (2017) ha habido algunas restricciones a los dispositivos electrónicos de gran tamaño en la cabina en los vuelos entre determinados países, lo que presumiblemente se aplicaría a los ordenadores de sobremesa.