He escrito en otra parte de Quora sobre esta y otras preguntas similares.
Los dos "primeros" ordenadores británicos -el EDSAC de Cambridge, el Manchester Baby y el Mark I- tenían CRT electrostáticos, que podían mostrar un mapa de bits 2D limitado de parte del almacenamiento, y ambos se utilizaron pronto para juegos. Pero nunca he podido encontrar ninguna mención a los dispositivos señaladores.
Existían sensores táctiles 2D que se remontaban a los años 20 en forma de joysticks con potenciómetros que podían utilizarse para el control remoto de aviones, etc. (Puse una foto de uno de ellos en otra respuesta.)
Es muy probable que Whirlwind I en el MIT fuera el primer uso de un dispositivo de señalización en una pantalla (el bolígrafo/pistola de luz inventado por Bob Everett a principios de los años 50).
No creo que Whirlwind II (el sistema de defensa aérea SAGE) invocara comandos con la pistola de luz, sino que la utilizaba para apuntar a diferentes visualizaciones en la pantalla de información de diferentes aviones.
Terminal interactivo SAGE con pistola de luz (ca. 1956-7)
Mi voto para un sistema real "muy temprano" con una GUI real, incluyendo un dispositivo de señalización, es el Sketchpad de Ivan (ca. 1962). Fue escrito en un sofisticado macro ensamblador - CORAL - hecho por Larry Roberts (quien más tarde fue la fuerza impulsora de ARPAnet) y se ejecutó en el TX-2 (el ordenador experimental SAGE en los Laboratorios Lincoln).
Por cierto, el artículo de Wikipedia sobre GUIs y su historia es inexacto, y también deja fuera importantes sistemas tempranos. Aconsejo no tomarlo demasiado en serio (esto es lo que suele ocurrir con los artículos de Wikipedia sobre informática, especialmente sobre la informática "anterior").
Por ejemplo, el artículo afirma erróneamente que la GUI de Parc no tenía iconos, arrastre, etc. (¿por qué la gente que es ignorante es tan pugnaz para farolear?)
Aquí está uno de los sistemas de Parc hecho en Smalltalk ca 1974) mostrando muchos aspectos importantes de lo que se podía hacer, incluyendo múltiples ventanas, iconos, arrastrar, dibujar, animación en tiempo real, etc.