Por qué hace que macOS High Sierra con APFS mi MacBook Pro (2012 con HDD) funcione notablemente más rápido?

Tal vez nada.

Con frecuencia la gente piensa que algo es más rápido cuando lo cambian.

Incluso con más frecuencia la gente piensa que todo es más rápido sólo porque arranca más rápido (o se despierta del sueño más rápido).

Entonces de nuevo, tal vez algo.

Podría ser tan trivial como "el correo estaba mal roto, y ahora está menos mal roto, y usas mucho el correo". Podría ser "alguien decidió bajar todas las duraciones de las animaciones de 0,25segundos a 0,17 segundos".

En realidad podría ser realmente algo.

APFS "copiará" un archivo de un punto a otro del mismo volumen instantáneamente. No importa lo grande que sea. Eso sucede en más contextos que sólo hacer una copia de archivo, Encontrar tamaños de directorios (que incluye "paquetes" que se utilizan mucho en macOS y se parecen a un archivo que los usuarios) es mucho más rápido.

APFS también podría colocar los archivos para minimizar la búsqueda mejor que HFS +, pero en realidad dudo que lo haga (HFS + tenía un montón de trabajo invertido en eso, y APFS fue creado en los días de decadencia de los discos giratorios de óxido ... incluso fue probablemente el objetivo de eso). Si lo hace entonces todos los accesos al disco serán más rápidos.

También podría ser realmente algo, pero no algo que tenga que ver con APFS.

Tal vez la aceleración de tu tarjeta de vídeo se está utilizando mejor (creo que HS utiliza Metal2 para mucho más "uso normal", por ejemplo). O tal vez algo en la ruta de la MMU es mejor.

Muchas y muchas cosas podrían hacer que un nuevo SO sea más rápido.