Desde mi experiencia construyendo, reconstruyendo y actualizando ordenadores nunca me he encontrado con un problema al respecto, sin embargo siempre he sabido que es posible que no arranque correctamente. En ese caso si tienes la copia de Windows de venta al público suelen ser bastante geniales permitiéndote intercambiarla (desactivar en un sitio y reactivar en otro) este proceso es bastante sencillo por lo que si te encontraras con un problema no tendrías problema.
No puedo enfatizar lo suficiente esto, si vas a hacer un proyecto como este asegúrate de guardar una copia de seguridad en un disco duro completamente diferente que ni siquiera se utilizará en el proceso de la reconstrucción hasta que esté completamente en funcionamiento (entonces lo enchufarías para sacar la copia de seguridad si lo necesitas). No te arriesgues a perder tus datos, gástate los 40 pavos en comprar un disco para almacenar tus datos (más o menos dependiendo de la cantidad de datos que necesites respaldar. También puedes utilizar servicios de copia de seguridad/recuperación en línea, pero yo no lo recomendaría porque se tarda mucho en subirla y luego descargarla de nuevo, especialmente si lo haces de forma inalámbrica o tienes muchos datos. Compra el disco, haz una copia de seguridad usando AOMEI backer upper, luego tenlo por si acaso, si todo sale bien, entonces puedes borrar el disco y devolverlo si es Seagate o Western Digital suelen ser bastante amables con eso, o guardarlo como copia de seguridad por si falla uno de tus discos.
Espero haberte ayudado.